Sau khi cha Gioan Baotixita Phạm Minh Mẫn làm Giám mục và được Tòa Thánh chuyển lên Mỹ Tho rồi Sài Gòn, Đại Chủng viện Thánh Quí vẫn tiếp tục theo đường hướng đào tạo của “Pastores dabo Vobis” mà cha Gioan Baotixita trước đây đã khéo léo cô đọng và cụ thể hóa trong tập “Chỉ dẫn cần thiết”. Vì thế, có thể nói, Đức Hồng y Gioan Baotixita Phạm Minh Mẫn là người định hướng cho việc đào tạo linh mục tại Đại Chủng viện Thánh Quí.
Hôm nay, Đức Hồng Y Gioan Batotixita đã được Chúa gọi về, nhưng công trình của ngài vẫn được tiếp tục tại Đại Chủng viện Thánh Quí và trong cuộc sống của hơn 700 linh mục xuất thân từ đây, nơi ngài là Giám đốc tiên khởi.
