Sinh trưởng trong một gia đình Công giáo thuộc giáo xứ Phú Lộc (quận Phú Nhuận, TPHCM), Vũ Đỗ Huy Cường từng là sinh viên thủ khoa khoa Toán – Tin học trường Đại học Khoa học Tự Nhiên TPHCM