Linh mục Phêrô Nguyễn Công Danh đã từ trần lúc 21 giờ 15 phút ngày 27.7.2016 tại bệnh viện Thống Nhất. Sau đó, linh cữu ngài được đưa về quàn ở nhà thờ Thị Nghè (TGP.TPHCM) - nơi cha từng làm chánh xứ 22 năm.